On classe le daltonisme selon les 3 types de cônes atteints et l'importance du trouble visuel :

Monochromatisme (achromate):

C'est l'absence totale de perception des couleurs. Il est très rare, il touche une personne sur 40 000. Celui qui est atteint voit le monde en noir et blanc et des nuances de gris. Les cônes de cornée sont dépourvus des 3 pigments habituels qui permettent de voir les couleurs.

Dans la majeure partie du monde, l'achromatopsie congénitale est extrêmement rare (1 personne sur 33 000).

L'île de Ponape est connue car l'achromatopsie y est commune : près d'un douzième de la population en est affectée.

Dichromatisme:

C'est l'absence du gène, donc du pigment. Cela se traduit par la perception de 2 couleurs seulement :

1. •Protanope : perception de vert et du bleu seulement,
   

2. •Deutéranope : perception du rouge et du bleu seulement,
   

3. •Tritanope : perception du rouge et du vert seulement.
   

Chez les dichromates, l'un des 3 pigments de cônes fait défaut soit parce que le gène correspondant est absent, soit parce qu'il existe sous forme d'un hybride des gènes des pigments du rouge et du vert. Chez certains deutéranopes, par exemple, le gène du pigment vert est complétement absent. Chez d'autres, il y a un gène hybride qui donne un pigment du gène rouge dans les cônes sensibles au vert.

Trichromate anormal:

Dans ce cas, le gène est hybride donc le pigment a une sensibilité différente. Ceci se traduit par la perception des 3 couleurs d'intensités anormales :

1. •Protanomal : besoin de rouge,
   

2. •Deutéranomal : besoin de vert,
   

3. •Tritanomal : besoin de bleu.
   

Chez les trichromates anormaux, qui possèdent aussi des gènes hybrides, on pense qu'ils élabores des pigments dont les propriétés spectrales se situent entre celles des pigments normaux du rouge et du vert. De cette façon, bien qu'ils possèdent des cônes distincts sensibles aux longueurs d'onde (l'un normal, l'autre hybride), les réponses des deux jeux de cônes à une même longueur d'onde sont moins différentes.